In de elfde eeuw woonden er waarschijnlijk al mensen in Hoogkerk. Het dorp wordt in 1373 voor het eerst in oude oorkonden genoemd. Hoogkerk was toen een boerendorp met een paar ambachtsmensen. De boeren verkochten het graan en de zuivelproducten, die niet nodig waren voor de eigen dorpsgemeenschap in Groningen op de markt.

Even ten noorden van Hoogkerk liep, in de middeleeuwen, de weg naar Friesland. Deze weg kruiste het Aduardiep bij Leegkerk en liep via Enumatil langs Midwolde en Tolbert naar Marum en daar verder Friesland in. In 1570 liet de Spaanse bevelhebber, Caspar de Robles, een vaarweg van Groningen naar Friesland graven. Die vaarweg liep ook door Hoogkerk. Tussen 1655 en 1660 werd deze vaarweg vervangen door de trekvaart van Groningen naar Friesland. De ligging aan deze belangrijke verkeersroutes zorgde voor veel verkeer en activiteit in Hoogkerk.

Tot ongeveer 1900 hebben de ontwikkelingen in en om Hoogkerk zeer geleidelijk plaatsgevonden. Hoogkerk bleef een boerendorp. Rond 1850 kwam de ontwikkeling van het dorp in een stroomversnelling.

Langs het Hoendiep is in vroeger tijden wel enige activiteit geweest maar de bedrijfjes in Hoogkerk bleven tot 1850 van beperkte omvang. In 1853 kwam daarin verandering met de komst van de scheepswerf van de familie Barkmeijer in Vierverlaten. Ook bierbrouwerij ‘Artevelde' koos in 1866 Hoogkerk als vestigingsplaats. En de oliemolenaar, P.R.Roelfsema, verplaatste zijn bedrijf in 1881 van Groningen naar Hoogkerk.

De gunstige ligging van Hoogkerk speelde een grote rol bij de ontwikkeling tot industriedorp. Hoogkerk was over water, weg en over het spoor (vanaf 1866) goed bereikbaar voor de aanvoer van grondstoffen en het afvoeren van producten. Het water in de omgeving was geschikt als industriewater. En de stad Groningen bood goede afzetmogelijkheden. Ook kon de Hoogkerker industrie gebruik maken van de deskundigheid die in de stad op velerlei gebied aanwezig was.

Ook de tijden waren gunstig voor het ontstaan van industrie. In de landbouw was een groot overschot aan arbeidskrachten. Veel boerenarbeiders kwamen als ongeschoolde arbeiders in de nieuwe fabrieken terecht.

De suikerfabriek
De komst van de suikerfabriek in 19.. een van de meest ingrijpende veranderingen geweest voor het dorp Hoogkerk. De suikerfabriek betekende veel voor de werkgelegenheid. Tijdens de campagne werkten er honderden mensen. Niet alleen arbeiders, maar ook middenstanders en kleine boeren, die zo iets konden bijverdienen. In de campagnemaanden was er grote bedrijvigheid in en om de fabriek. De bieten werden met grote stoomkranen uit de schepen gehaald en de bieten waar de kraan niet bij kon werden door mannen met grote korven de fabriek binnengedragen. Nog steeds is de Suikerfabriek (nu van Suikerunie) van groot belang voor het dorp. Vele suikerfabrieken moesten de deuren sluiten, waardoor de fabriek in Hoogkerk nu zelfs meer maanden draait dan in eerdere jaren. En er zijn plannen voor het bouwen van extra silo's.

De strokartonfabriek
Strokartonfabriek ‘De Halm' begon in 1914 met haar productie in Hoogkerk. Het bedrijf had gespecialiseerde arbeidskrachten nodig. Omdat Hoogkerk geen ervaren strokarton-arbeiders had, trok de fabriek mensen van elders aan. Voor deze nieuwkomers werden in korte tijd een groot aantal huizen gebouwd en zo ontstond de ‘Halmbuurt'. ‘De Halm' produceert nog steeds karton. Niet meer van stro maar van andere materialen, zoals oud papier.

Olie en veevoer
De heer P.R. Roelfsema exploiteerde in het tweede deel van de negentiende eeuw een olieslagerij in het ‘Gotische Huis' aan de Brugstraat in Groningen, het huidige onderdak van het Noordelijk Scheepvaartmuseum. Uitbreiding van zijn bedrijf was op die plek niet mogelijk. Daarom kocht hij in 1881 een oliemolen in Hoogkerk, aan het Hoendiep, tegenover kartonfabriek ‘De Halm'. In deze fabriek liet de heer Roelfsema olie maken uit koolzaad en lijnzaad. Dit bedrijf groeide uit tot een fabriek voor veevoeders, maar is verdwenen uit Hoogkerk.

De scheepswerf
In Vierverlaten, aan het Peizerdiep, repareerde en bouwde de familie Barkmeijer vanaf 1853 schepen. Dit bedrijf had in het begin al meer dan tien werknemers. Voor die tijd een groot bedrijf. Het Hoendiep en het Aduarderdiep waren te smal en te ondiep voor de steeds groter wordende schepen. Tussen 1955 en 1965 werden Hoendiep en Aduarderdiep verbeterd, zodat ook de grote schepen hun weg naar zee konden vinden. Tot 1976, toen dwong de bouw van nog grotere schepen tot het verhuizen van de scheepswerf naar de oostkant van de stad bij het Eemskanaal. Het oude bedrijf van Barkmeijer leeft nu nog voort onder de naam ‘Conoship'.

De asfaltfabriek
In 1927 stichtten J.L. Smid en L. Smid een asfaltfabriek in Hoogkerk. Later bouwden ze een nieuwe fabriek in Vierverlaten. Het ging goed met het bedrijf. Er was namelijk veel asfalt nodig voor nieuwe wegen en voor dakbedekking van de vele nieuwbouw. Om het bedrijf nog winstgevender te maken, besloot de leiding om zelf aardolie te gaan raffineren. Dat kon niet in Hoogkerk; de ruwe olie moest namelijk met grote zeeschepen worden aangevoerd. Daarom stichtte deze fabriek een eigen raffinaderij in Amsterdam aan een van de grote havens. Nog steeds is de fabriek ‘Esha' in Vierverlaten een bloeiend bedrijf dat zijn producten over de hele wereld verkoopt.

Staalbouw
In 1820 was Lucas Jans Smid een smederij begonnen in Hoogkerk. Hij deed zijn werk voor de boeren en voor de mensen in het dorp. Hij had ook een specialiteit, hij maakte schaatsen van een opvallende kwaliteit. Het bedrijf ging steeds over van vader op zoon. In 1902 werd de smederij gemoderniseerd. De oude smidse groeide uit tot een constructiewerkplaats. In deze werkplaats bouwde de firma Smid bruggen en zelfs de grote ijzeren spanten voor de stroschuren van strokartonfabriek ‘De Halm'. Heel lang was de constructiewerkplaats van de firma Smid gevestigd in de oude zeepfabriek aan de Boeiersingel in Hoogkerk. In 1963 verhuisde het bedrijf naar Vierverlaten. Daar werd het nog verschillende keren uitgebreid. Tegenwoordig heet het ‘Staalbouw Smid Hoogkerk'.

Beton
In 1905 stichtten de heren Kool en Wildeboer een fabriek voor betonnen voorwerpen. Ze maakten onder andere putten, riolen, regenbakken en betonplaten voor wegen. Het bedrijf veranderde verschillende keren van naam. Aanvankelijk heette het bedrijf Kool & Wildeboer, later kreeg het de naam Abex (Algemene bouw- en exploitatie maatschappij) en tegenwoordig heet het Industrie voor bouwelementen Hibex b.v. Het bedrijf is gevestigd op het industrieterrein aan het Aduarderdiep en levert haar producten overal waar er vraag naar is.

Diensten
Nieuwe werkgelegenheid ontstaat nu vooral in de dienstensector en de informatica. Verschillende grote automatiseerders en andere dienstverlenende bedrijven hebben zich gevestigd op het kantorenterrein langs de A7 tussen Hoogkerk en de Buitenhof. Deze bedrijven hebben veelal hooggeschoold personeel nodig. De werkgelegenheid in en om Hoogkerk wordt daarmee meer divers.

Ruimtelijke ontwikkeling
De oorspronkelijke lintbebouwing is nog herkenbaar in het tegenwoordige dorp. Maar er is eerst tijdens de industrialisatie en later voor de groeiende (stads)bevolking in de loop van de jaren veel bijgebouwd.

Woningbouw na 1900
Ten behoeve van de arbeiders van de strokartonfabriek "De Halm" werden in 1914/15 ca. 100 woningen gebouwd aan de Oostkant van de Zuiderweg. Aan de westkant van de Zuiderweg werden door de woningbouwvereniging in 1920 ook arbeiderswoningen gerealiseerd, de Suikerbuurt. Na de Tweede Wereldoorlog zijn de overige gebieden van de kern tussen Hoendiep en spoorlijn in gestaag tempo volgebouwd. In1950 werd de ‘overstap' naar het gebied ten zuiden van de spoorlijn gemaakt.

Nieuwe ontwikkelingen
Na 1996 is begonnen met de bouw van de wijken Ruskenveen en Buitenhof met respectievelijk 400 woningen en 500 woningen. Verder is bij Leegkerk de bouw van de wijk Gravenburg met ca. 850 woningen gerealiseerd.
Na 2000 is de Noord Zuid route in gebruik genomen, een verbinding tussen de wijken Gravenburg en de Held met de A7 en Ruskenveen. Doorgand verkeer hoeft daardoor niet langer door het centrum van Hoogkerk.

Eigen gezicht
Hoogkerk is een dorp met een eigen unieke historie. Dat is zichtbaar en voelbaar in het dorp. De ligging buiten de stedelijke bebouwing en de relatief onafhankelijke economische ontwikkeling van Hoogkerk hebben het dorp een heel eigen gezicht gegeven. Veel Hoogkerkers beschouwen Hoogkerk als een dorp in de stad met een eigen identiteit. Gemeenschapszin, verenigingsleven en samen aan de slag zijn kenmerkend voor de Hoogkerkse mentaliteit.
Op 1 januari 1969 werd Hoogkerk onder het bestuur van de gemeente Groningen gebracht. Hoogkerk is nu officieel een dorp in de gemeente Groningen.